Le diagnostic écologique marin (entre 0 et 50m de profondeur) est une étude pilotée et suivie par l’Agence des Aires Marines Protégées, au niveau national pour tous les sites Natura 2000 en mer ayant besoin de réaliser cet inventaire. Sur le site « Baie et Cap d’Antibes – Iles de Lérins », l’étude est réalisée par le bureau d’études Andromède Océanologie. Les investigations de terrains ont eu lieu en 2009 et 2010. Au printemps 2012, l'inventaire est en phase finale de validation. Des versions intermédiaires ont été transmises à l'opérateur.
Pour l'extension en mer, la campagne MEDSEACAN (programme de reconnaissance des têtes de canyons de la Méditerranée française) réalisée par la COMEX (maître d’œuvre) sous l'égide de l'Agence des Aires Marines Protégées (maître d’ouvrage) entre 2008 et 2011 a permis de récolter de nombreuses données. Ces données sont en cours de validation scientifique.
Ce groupe de travail du CSRPN avait pour objectif la validation scientifique du tome 1 du document d'objectifs. Il a réuni les services de l'Etat, les membres du CSRPN et l'opérateur.
Ce comité a réuni le bureau d’études en charge de l’inventaire écologique marin (Andromède Océanologie), le rapporteur scientifique marin de notre site pour le CSRPN, les services de l’Etat (DREAL et DDTM) et l’opérateur.
Cette réunion avait pour objectif de pré-valider l'inventaire écologique marin et de définir et de hiérarchiser les enjeux et objectifs de conservation pour le site Natura 2000. Cette dernière phase s'effectue via une entrée naturaliste.